Historie kostela sv. Jana Křtitele je pevně spjata s řádem johanitů, známým též jako řád maltézský. V druhé polovině 14. století do správy hlubčicko-hrobnických johanitů připadl také nově vystavěný kostel zasvěcený sv. Janu Křtiteli a sv. Janu Evangelistovi při jihovýchodní části městského opevnění.  V 15. století došlo k několika přestavbám a úpravám kostela. Po následujícím požáru, jenž zachvátil Opavu v roce 1689, podstoupil kostel na počátku 18. století barokní přestavbu. Ve stejné době došlo ke stavbě komory na boku lodi.  Při osvobozování Opavy byl tento objekt těžce poškozen a následně stržen. Samotný kostel prošel v průběhu 19. století několika úpravami, kdy bylo například vystavěno nové klasicistní průčelí. V závěru století pak byla stavitelem Juliem Ludwallem vystavěna nová věž, která byla rovněž za války poškozena. Dnešní podoba kostela je výsledkem poválečné rehabilitace, dřevěná věž je však historicky nevěrohodnou rekonstrukcí.